對熒光-PCR法的數據處理我們要了解一個關鍵的因素“Ct值”。在實時定量PCR的數據圖中，x-軸表示PCR循環數，y-軸表示擴增反應的熒光值，也就是擴增產物的量。這個圖中有基線、閾值、Ct值這幾個概念，從這幾個值我們能夠最終得到模板中目的基因的含量。

　　基線是擴增曲線中的水平部分。在反應初階段，雖然產物是指數級增長，但是由于總量太少，其熒光處于背景水平，檢測不到熒光增加。因此基線信號的產生是由于測量的偶然誤差引起的。然而當累積了足夠的擴增產物，足以產生可檢測的熒光信號時，這個信號的值就被稱為閾值，通常閾值默認為基線信號的標準偏差×10。在閾值的前后，PCR的反應仍然是指數級增長的，因此此時的PCR結果可靠，可以準確地反映體系中模板的初始量。Ct值是信號強度達到閾值時所需要的循環數，也就是擴增曲線與閾值的交叉點。

　　為什么知道了Ct值就能夠得到初的目的基因含量呢？

　　一個基因的單次反應擴增曲線中要計算擴增產物的分子數N，它等于模板的分子數乘以1+擴增效率的n次方，n代表循環次數。也就是說，如果擴增效率為100%，產物分子數就等于模板數乘以2的n次方。但是顯然，在線性增長期和平臺期，擴增效率不可能是100%，因此上述PCR理論方程只在指數期成立。