1、苜蓿根瘤菌直接觀察。對引進菌種，先觀察包裝是否合乎要求，棉塞有無松動，試管、玻璃瓶和塑料袋有無破損，棉塞和管、瓶或袋中有無病蟲侵染，菌絲色澤是否正常，有無發生變化。然后在瓶塞邊作深吸氣，聞其是否具備*的香味。原種和栽培種可取出小塊菌絲體觀察其顏色和均勻度，并用手指捏料塊檢驗含水量是否符合標準。

2、觀察菌絲長速。將供測的菌種接入新配制的試管斜面培養基上，置于zui適宜的溫、濕度條件下進行培養，如果菌絲生長迅速、整齊濃密、健壯有力，則表明是優良菌種，否則即是劣質菌種。
3、出菇實驗。經過檢驗后，認為是優良菌種的，可進行擴大轉管；同時可取一部分母種用于出菇（耳）試驗，出菇實驗常用的方法有瓶栽法和壓塊法兩種，置zui適宜溫濕條件下培養，觀察菌絲生長速度、轉管快慢、吃料能力、出菇速度、子實體形態、產量和質量等來綜合評價青海發光桿菌菌種質量優劣。

4、顯微鏡檢驗。若菌絲透明，呈分枝狀、有橫隔、鎖狀聯合明顯，再加上具有不同品種固有的特征，則可認為是合格菌種。