熒光-PCR法技術已經被廣泛應用于臨床疾病診斷各種傳染病診斷和療效評價；臨床疾病診斷動物疾病檢測；食源微生物、食品過敏源、轉基因研究等食品安全操作等等各個領域。目前的實時熒光PCR技術主要是基于熒光共振能量轉移（FRET)的原理，一對合適的熒光物質可以構成一個能量供體(donor)和能量受體(acceptor)對，其中供體的發射光譜與受體的吸收光譜重疊，當它們在空間上相互接近到一定距離(1-10 nm)時，激發供體而產生的熒光能量正好被附近的受體吸收，使得供體發射的熒光強度衰減，受體熒光分子的熒光強度增強。